Na początku 1939 r., w obliczu zaostrzających się stosunków polsko-niemieckich, władze wojskowe Gdyni przystąpiły do przygotowań mających na celu zabezpieczenie transportu oddziałów i ewakuacji rannych w przewidywanym konflikcie zbrojnym. W zakresie działalności przedsiębiorstwa przygotowania te sprowadzały się do przystosowania autobusów przez wykonanie dodatkowych tylnych drzwi.
Przed wybuchem wojny, na przełomie I półrocza 1939, MTK obsługiwało 14 linii autobusowych:
Nr 1 Skwer Kościuszki - Oksywie (Mar. Woj.)
Nr 2 Komisariat Rządu - Chylonia
Nr 3 Plac Kaszubski - Orłowo - Sopot
Nr 4 Plac Kaszubski - Grabówek
Nr 5 Skwer Kościuszki - Pogórze (Rzeźnia)
Nr 6 Dworzec PKP - Dworzec Morski - Plac Kaszubski - Komisariat Rządu - Dworzec PKP
Nr 7 Plac Kaszubski - Witomino
Nr 8 Komisariat Rządu - Dom Zdrojowy - Hala Targowa - Port Handlowy
Nr 9 Komisariat Rządu - Port Handlowy
Nr 10 Dworzec PKP - Babie Doły
Nr 11 Gdynia - Kartuzy
Nr 12 Gdynia - Kościerzyna
Nr 13 Gdynia - Jastrzębia Góra
Nr 14 Jurata - Jastarnia
Stan taboru autobusowego wynosił w tym czasie 33 pojazdy, w tym 8 autobusów typu Saurer i 25 wozów GMC. Zatrudnionych w przedsiębiorstwie było około 140 pracowników, z których znaczna część została reklamowana od służby wojskowej w przypadku mobilizacji, w przewidywaniu zadań MTK w okresie wojennym.
W połowie sierpnia 1939 r. przydzielono dla ochrony zajezdni oddział marynarzy pod dowództwem kpt. mar. inż. Mieczysława Iwańskiego, któremu wspólnie z dyrektorem MTK inż. Janem Kaweckim podporządkowano zmobilizowany transport prywatny i przedsiębiorstwa.
W okresie walki o Gdynię tabor autobusowy MTK podporządkowany był operacyjnie Dowództwu Lądowej Obrony Wybrzeża, stanowiąc grupę wypadową dla przerzutu oddziałów na zagrożone odcinki frontu. Autobusy, obsługiwane przez personel MTK, brały udział w szeregu akcji. Do dziś zachowało się sporo relacji oficerów i żołnierzy na temat udziału pracowników i taboru MTK w walkach wrześniowych, w tym wypowiedzi ówczesnych dowódców, jak płk. Zauchy, a przede wszystkim - słowa uznania dowódcy LOW, płk. Stanisława Dąbka, który podkreślał ofiarność 140 pracowników załogi MTK, ich zdyscyplinowanie i gotowość do służby.
W nocy z 12 na 13 września 1939 r. ruch autobusów był bezustanny, przewożono wycofujące się oddziały na Oksywie, do Babich Dołów i Pogórza oraz żywność z magazynów portowych. Autobusy MTK były ostatnimi pojazdami, które przejechały przed wysadzeniem przez nasze wojska mostu nad Kanałem Przemysłowym na drodze do Oksywia.
Na pamiątkę udziału załogi MTK w walkach obronnych na przedpolach Gdyni, we wrześniu 1969 r. została wbudowana tablica, przypominająca o ofiarności emtekowców. Tablicę umieszczono na ścianie budynku zajezdni Wojewódzkiego Przedsiębiorstwa Komunikacyjnego, Baza w Gdyni, następcy dawnego Miejskiego Towarzystwa Komunikacyjnego.
Stosunkowe szybkie zajęcie Gdyni oraz przyległych powiatów postawiło przed okupantem m.in. problem dowozu pracowników do uruchamianych przedsiębiorstw o charakterze militarnym, do obsługi portu przekształconego na miejsce postoju i napraw okrętów wojennych Kriegsmarine, oraz połączenia z Gdańskiem, skąd pochodzili liczni teraz w Gdyni (przemianowanej na Gotenhafen) funkcjonariusze władz administracyjnych i partii. Zadanie zorganizowania przewozów władze hitlerowskie powierzyły przedsiębiorstwu komunikacyjnemu W Gdańsku pod nazwą "Gdańskie Tramwaje Elektryczne SA", które musiało przerzucić na teren Gdyni część autobusów eksploatowanych dotychczas na terenie b. Wolnego Miasta Gdańska. Tabor MTK bowiem - część nie uszkodzonych, względnie zdatnych do naprawy autobusów - został zarekwirowany przez Wermacht.
Sprowadzono tu wówczas z Gdańska duże autobusy typu Büssing, częściowo z przyczepami, którymi uruchomiono komunikację w relacji Plac Kaszubski - Oksywie oraz połączenie z Gdańskiem. Ponadto konieczne okazało się uruchomienie linii Orłowo - Chylonia.
Na zajezdnię i warsztaty autobusowe przystosowano teren i hale b. Targów Gdyńskich przy ul. Derdowskiego 1. Teren i hale b. zajezdni autobusowej MTK przy ul. Gdańskiej (al. Zwycięstwa) i Sportowej, których budowę rozpoczęto w 1938 r., okupant przeznaczył na Zakłady Lotnicze Kanennberg AG, w których - po adaptacji obiektu - dokonywano napraw samolotów.
Do obsługi warsztatów i jako kierowców autobusów ściągnięto dużą część b. pracowników MTK, zatrudniając ich poprzez skierowanie Urzędu Pracy w Gdyni. Uruchamiając komunikację na terenie Gdyni, przedsiębiorstwo "Gdańskie Tramwaje Elektryczne SA" przyjęło nazwę: Zakłady Komunikacyjne Gdańsk-Gdynia (Verkehrsbetriebe Danzig - Gotenhafen).
W obliczu rosnących potrzeb przewozowych z jednej strony i pogarszania się sytuacji paliwowej z drugiej, Zakłady Komunikacyjne Gdańsk - Gdynia rozpoczęły przygotowania do elektryfikacji tras gdyńskich, budując sieć trakcyjną trolejbusową, pierwotnie tylko na odcinku od Zarządu Miejskiego w Gdyni do Chyloni Dworzec PKP, przedłużając następnie linię trolejbusową do Orłowa. Uruchomienie pierwszego odcinka linii trolejbusowej od Zarządu Miejskiego do Chyloni nastąpiło 18 września 1943 r. Na zajezdnię i warsztaty trolejbusowe przystosowano część obiektu przy ul. Derdowskiego 1
Na liniach trolejbusowych kursowało początkowo 10 trolejbusów typu Henschel, z wyposażeniem elektrycznym AEG. Nadwozia wszystkich 10 szt. wykonała Gdańska Fabryka Wagonów. Trolejbusy te były pierwotnie przewidziane dla zastąpienia na liniach do Siedlec i Oruni w Gdańsku. Wymieniona seria miała numerację 201-210 i była przystosowana do ciągnięcia przyczep. Wykorzystano tu posiadane przyczepy osobowe, również produkcji Gdańskiej Fabryki Wagonów.
Trasy trolejbusowe zasilały w energię elektryczną przebudowane równocześnie stacje prostownikowe: Dworzec PKP, Redłowo i Grabówek, o mocy 720 KW każda. Oprócz wspomnianych już trolejbusów Henschel, wprowadzano stopniowo również tabor przejęty z krajów okupowanych. Były to trolejbusy JTB2 z Kijowa, Alfa-Romeo, Fiat-Breda i Tallero z Mediolanu i Rzymu - te ostatnie po kapitulacji włoskiego sojusznika.
Niezależnie od wspomnianych trolejbusów włoskich, z których do końca wojny nie zdołano uruchomić pojazdów typu Fiat-Breda i Tallero, komunikacja miejska w Gdyni została zasilona także trolejbusami typu Henschel-Siemens model 01, które eksploatowano z przyczepami.
Znajdujące się nadal w eksploatacji na pozostałych liniach autobusy Büssing, wobec trudności paliwowych, przystosowano do napędu gazem, początkowo z butli a następnie gazem świetlnym, umieszczając na dachach odpowiednio obudowane duże pojemniki.
Trolejbusy kursowały do czasu nasilenia się walk o Gdynię a podczas oblężenia miasta przez wojska radzieckie i polskie w 1945 r. zostały użyte do wznoszenia ulicznych barykad, względnie jako pomieszczenia polowe sztabów.
W momencie wkroczenia wojsk radzieckich i polskich do wyzwolonej Gdyni, komunikacja miejska znajdowała się w stanie kompletnej dewastacji. Uszkodzone i zdewastowane stacje prostownikowe, zerwana sieć trakcyjna, zniszczony tabor - oto jaki obraz utrwalił się w pamięci tych, którzy otrzymali zadanie uruchomienia komunikacji miejskiej.
przygotowano na podstawie:
Maciej Gwiazda, Powstanie i Rozwój Komunikacji Miejskiej W Gdyni, Rocznik Gdyński Nr 4 i 5